Chociaż obecnie nie ma skutecznego leczenia PSC, lekarz może pomóc w zmniejszaniu się uciążliwych objawów kierując się aktualnymi zaleceniami dla tej choroby. Dotyczy to leczenia świądu skóry, terapii antybiotykami w leczeniu zakażeń czy stosowania suplementów witaminowych.

Niektóre osoby z PSC przyjmują kwas ursodeoksycholowy (UDCA) w małej dawce (15 do 20 mg na kg masy ciała na dobę). UDCA poprawia badania krwi wątroby i może przyczynić się do poprawy odpływu żółci z wątroby, ale nie dysponujemy naukowymi  dowodami na to, że UDCA opóźnia postęp tej choroby.

U osób cierpiących na PSC występuje zwiększone ryzyko wystąpienia niektórych nowotworów przewodu pokarmowego, takich jak rak jelita grubego czy rak dróg żółciowych. Lekarz powinien uważnie obserwować pacjenta pod tym kątem i regularnie monitorować stan jego zdrowia.

Obecnie toczą się badania nad nowymi terapiami w leczeniu PSC. Lekarz może zaproponować możliwość wzięcia udziału w takich badaniach, co może dać pacjentowi dostęp, na razie w badaniu klinicznym,  do potencjalnych nowych leków.